現在の時刻をミリ秒単位で取得したい場合、

new Date().getTime();

でも取得できるが、一回Date型のインスタンスを生成する処理が無駄なので

System.currentTimeMillis();

を使いましょう。(コンパイラの最適化によって結局意味ないかも。実行時間やメモリ使用量が変化するかは不明。)