いつからかのEbean(Play Framework 2.4が出た辺り?)から、MySQL向けに自動生成されるSQLのうち、JavaのモデルでDate型となっているカラムのcreate文がdatetime(6)になっている。
MySQL 5.5系では、datetime(6)は無効なため、datetimeに書き換えないといけない。
そのため、MySQL 5.5系を使用する場合、confで

play.evolutions.db.default.autoApply = true

を設定していても自動的にSQLが適用されない場合があるため注意。

また、開発中のデータベースとしてH2を使用する場合もあるが、H2をMySQLモードで利用していると、カラムのcreate文がtimestampになってしまう。1テーブル内にtimestamp型のカラムが複数あると勝手に初期値が設定される等意図しない動作になりやすいため、そもそもH2は使用しないことをお勧めする。